首先，《承包经营权证书》的发放与其它权属证书如《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放有着本质区别。《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放是应申请人的申请而进行，申请人不提出申请则不能取得宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系；而《承包经营权证书》的发放依《农村土地承包法》的规定系人民政府应主动履行的职权和职责，承包人虽不提出申请但只要承包合同依法成立即取得了农村集体土地承包经营权。

    其次，《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的取得体现国家的行政管理职能，行政管理机关不批准，申请人则不能取得宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系，行政管理机关批准后，申请人的宅基地使用权、房屋所有权和合法的婚姻关系才能成立和生效；《承包经营权证书》的取得虽然亦体现国家的行政管理职能，但更多层次上是对平等民事主体民事活动在国家行政权力上的认可，本质上属行政鉴证的历史范畴，行政机关认为承包人不符合颁发《承包经营权证书》的条件，承包人如要求取得《承包经营权证书》则可通过民事诉讼要求人民法院先行确认已经取得的承包经营权，承包人凭生效的法律文书可再向行政机关要求颁发《承包经营权证书》，如行政机关不予颁发则可通过行政诉讼解决。前者强调的是审批，后者强调的是认证。

    第三，《宅基地使用证》、《房屋所有权证》、《结婚证》等证书的发放原则上一证一审，逐个审批，已经走上规范化、制度化、法治化的轨道，且有法可依。而《承包经营权证书》的发放不统一、不规范。通行做法是由人民政府先发放带有人民政府印章的空白经营权证书由村委会代为填写、四至填写不清、少填或不填部分承包田、填写错误的则直接在证书上予以涂抹和更改、家庭承包方式取得和承包经营流转取得的承包田不作区分、土地暂时流转或代耕代种的，证书上没有反映或反映错误、与登记机关的土地清册不符的等，证书填写的随意性很大。直到2003年12月1日，农业部才出台了《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》，在此之前，证书的发放实际是无法可依，仅由政策调整，所以没有走上规范化的道路。所以证书的发放没有体现登记机关的审查职能，不能准确反映人民政府的真实意志。所以审判实践中，人民政府对人民法院以证书或清册为由裁定由人民政府处理的意见很大，大多希望人民法院直接裁决。

    第四，《农业土地承包法》规定，承包方自承包合同生效时取得承包地承包经营权，而承包合同成立时即生效。《中华人民共和国农村土地承包经营权证管理办法》第二条规定：“农村土地承包经营权证是农村土地承包合同生效后，国家依法确认承包方享有土地承包经营权的法律凭证”；第五条规定：“农村土地承包经营权证所载明的权利有效期限，应与依法签订的土地承包合同约定的承包期一致。”；第九条规定：“农村土地承包经营权证登记簿记载农村土地承包经营权的基本内容。农村土地承包经营权证、农村土地承包合同、农村土地承包经营权证登记簿记载的事项应一致。”所以，承包经营权的取得不以《承包经营权证书》为必要条件，承包经营权自承包合同成立时即依法取得。在民事案件中，《承包经营权证书》作为当事人取得承包经营权的证明，是一种证明权利的凭证，仍是书证的一种，仍应受到人民法院必要的审查。《承包经营权证书》应与承包合同、土地清册相一致。一般情况下，《承包经营权证书》与土地清册及二轮承包时签订的承包合同内容相一致，应确定《承包经营权证书》的效力。但如果有证据证明《承包经营权证书》存在不实之处，应根据案情确认其证明效力。《承包经营权证书》与《土地清册》内容不一致时，一般应按照登记机关《土地清册》内容为准。《土地清册》、《承包经营权证书》与二轮承包时签订的承包合同不一致时，要考查承包经营权的流转情况，如双方当事人不能提供合法的流转手续，登记机关亦没有合法的流转登记记载，应以二轮承包合同的成立确定承包经营权。《承包经营权证书》经过涂改、与土地清册不符、与承包合同成立不符而没有合法的流转手续等明显违法情况的，法院可直接认定其没有合法来源依据而不予采信。