根据我国现阶段刑事诉讼纠纷解决机制，笔者认为，刑事诉讼调解应实行自诉和公诉双轨制。第一，降低立案标准，适当扩大刑事自诉案件范围。适用调解的三类刑事案件，如果有具体被害人，被害人均可以直接向人民法院起诉，但我国刑诉法对被害人启动刑事自诉程序作出了严格的举证要求，立案时要求达到“犯罪事实清楚，证据充分”的证明标准，否则丧气起诉权。笔者认为，这一立案标准不符合刑事诉讼认知规律，对于没有侦查权和强制措施的被害人个人，其立案标准不应高于公诉案件，应降低自诉案件的立案标准，使被害人能够跨越这道诉讼的门槛，通过调解或和解而解决纠纷，平息矛盾。第二，平衡三方利益，适当限制刑事公诉案件调解权力。刑事公诉案件有的有具体被害人，有的没有具体被害人，没有被害人的应由检察机关代表国家、社会作为被害人参与调解。当然，刑事诉讼不同于民事诉讼，不能无限制适用调解。

    笔者认为，刑事公诉案件适用调解应有以下限制：一是限制刑事调解减轻处罚的幅度。刑事公诉案件调解要在国家、被害方、被告方三者之间寻求合理的平衡，防止无限制的交易损害刑法的威严性，使犯罪行为得到合理惩罚，避免有钱人逃脱刑罚制裁。因此，刑罚可以通过调解而减轻，但最高减刑幅度应有所限制，建议将减刑幅度控制在应判刑罚的1/2至1/3之间。二是限制刑事调解适用的内容。刑事公诉案件调解不能通过“交易”而改变客观事实，不能通过调解而改变犯罪性质，不能通过调解而以《刑事调解书》的方式直接结案。第三，尊重当事人诉权，允许公诉案件转为自诉案件。适用调解的三类刑事案件可以自诉，也可以公诉，对已进入司法程序的公诉案件，被害人是否有权处置其诉权，使公诉案件转为自诉案件。笔者认为，法律应当尊重而不应剥夺当事人的诉权，国家公权力不应强行干预当事人的私权力，司法机关应当尊重当事人选择调解或和解的权利，允许已进入司法程序的三类刑事案件由公诉案件转为自诉案件，让有限的司法资源用于急需司法干预的重要领域。

    （三）规范调解程序，落实刑事诉讼调解自愿原则。

    通过规范刑事诉讼调解程序，促进刑事诉讼调解的公正、文明、高效。第一，明确规定刑事诉讼的申请调解权。刑事调解以自愿为基础，其启动权应赋予当事人。有具体被害人的，启动调解应由被害人和犯罪人双方同意，没有具体被害人的，由检察机关作为国家和社会利益的代表，是否启动调解由犯罪人决定。刑事调解不是必经程序，必须经当事人自愿申请或同意。当事人可以在公安机关立案前后、检察机关审查起诉和法院审判三个阶段以口头或书面形式向司法机关申请调解。第二，明确规定刑事诉讼调解人资格。我国目前刑事审判中的调解由主审法官进行，为了避免“以判压调”、“以拖压调”等现象发生，落实调解的自愿合法原则，刑事案件应实行调审分离，促进调解和审判权良性互动。那么，如何规范刑事诉讼调解人资格，笔者认为，一种方法是让部分法官专职于调解，充任调解法官；另一种方法是借鉴日本、意大利等国的做法，由司法行政主管部门将辖区内具有一定学识、身份和威望的人员，如基层治保组织负责人、优秀律师、人民陪审员、退休法官等聘请为调解员，组成调解委员会，并将名单公布。第三，明确规定刑事诉讼调解的期限和费用。法院收到申请书后，可参照仲裁的规定，由双方当事人选择调解员或法院指定调解法官进行调解。对于调解前置和当事人提出诉前调解申请的案件，应在30天内进行调解，调解不成即转入审判程序。对于已进入审判程序的调解，如果当事人提出申请或法官认为有必要进行调解，可由指定的调解法官或双方当事人商定的调解员主持调解，时间应为30天，次数1次，调解不成，重新启动审判程序及时作出判决。同时，依据《中华人民共和国民事诉讼法》第一百零七条规定，当事人进行民事诉讼，应当按照规定交纳案件受理费。财产案件除交纳案件受理费外，并按照规定交纳其他诉讼费用。因此，对于刑事附带民事损害赔偿案件，因其具有民事诉讼性质，且带有财产给付内容，《刑事诉讼法》应明确规定可以收取诉讼费，以实现立法的统一。第四，明确规定刑事诉讼调解的法律后果。在公安机关立案前后、检察机关审查起诉和法院审判中，如果当事人确系自愿调解或和解，经调解委员会的专职调解员调解并达成调解协议的，司法机关在评价和衡量此类案件社会危害性不大的情况下，应当分别作出撤销案件、不起诉、准予撤诉或免予刑事处罚等决定。