卫生部部长陈竺任防控领导小组组长，党组书记、副部长高强以及副部长马晓伟、刘谦任副组长。防控领导小组下设4个工作小组，分别为综合协调组、疫情防控组、医疗救治组和新闻宣传组。各小组已经启动工作。

3日，卫生部召开当前手足口病防控专题研究会，加强对各地疫情防控工作的指导和协调，并下发加强春夏季传染病防控工作的通知，要求各地卫生部门充分认识当前手足口病等春夏季传染病疫情形势的严峻性和防控工作的急迫性，坚持预防为主、防治结合、以农村为重点，做好各项防控措施的组织和落实。

同时卫生部还加强了对患病儿童特别是重症患儿的救治，组织专家对阜阳市重症患儿进行会诊，不断优化治疗方案，把重症患儿的死亡率降下来；还派出一部分专家支援阜阳市各县级医院，提高鉴别诊断和医疗救治能力。

卫生部指出，当前工作的重点，是要积极开展以家庭为核心的卫生整治工作，教育广大群众特别是农村地区群众养成良好的生活习惯，控制疾病传播；要做好医院内的消毒工作，防止由于患儿和家长大量聚集医院造成院内感染的发生。

卫生部还表示，要及时做好疫情信息的发布，提高疫情防控工作的透明度。