至2005年年底，辽宁省交通主管部门违反国家有关规定，以稽查、监督等名义，为各级政府、人大、政协等部门以及公路系统办理免费通行车9926辆。山东省交通部门自定政策，对部分地方政府、党政机关和交通系统的车辆发放免费通行卡2654张，造成2004年和2005年违规减免车辆通行费2926万元。2006年4月，审计抽查广东省收费公路收费结算系统时发现，有免费通行卡9830张，据测算，2005年共免征通行费 4072万元。
除了发工资、做人情外，收费公路收的钱也并没有很好地用于公路的再建设。收费公路最堂而皇之的理由就是收费用于还贷和公路再建设，但审计中却发现有大量的收费被闲置或挪用。
具体的数字是：财政性资金投入经营性公路形成的国有股权收益及转让公路国有资产取得的转让收益中，有58亿元闲置或被挪用，没有用于公路再建设或偿还贷款，其中17.9亿元被挪用于建楼堂馆所、投资股票、发放奖金福利和对外投资等。
此外，大量依托收费公路产生的服务设施收入、广告收入等不纳入统一核算，转至账外，或是成立内部职工参控股的经济实体经营管理。仅2003年至2005年，就有6.1亿元被转到账外或经济实体，其中0.83亿元用于发放奖金、福利等。
移送案件15起
对审计调查发现的问题，审计署已向有关省份提出要求纠正和整改的意见；依法向司法机关、纪检监察部门移送违法违纪案件15起，已有34人被依法追究刑事责任或受到党纪政纪处分。
除了主管原因外，审计署还提到现行法律法规不完善为一些违规行为提供了钻空子的可能。例如，与《收费公路管理条例》配套的法律法规至今未出台，致使该条例颁布前已建成的收费公路收费站设置过多过密、收费期限过长等问题一直未能有效解决。如四川省非封闭式收费公路上的284个收费站中，有131个间距不合规，其中10个收费站与其他站相距不到10公里。至2005年年底，广东省经营性公路批准的收费期限大于30年的有28个，最长的为55年。
针对收费公路管理法规滞后问题，审计署已向国务院和有关部门提出了10多份完善政策的建议。目前，有关部门正在积极研究，除已经出台的《进一步规范收费公路管理工作的通知》等4项法规和制度外，还将研究修改《条例》，陆续颁布《收费公路权益转让办法》、《收费公路权益质押贷款管理办法》、《关于逐步撤并二级公路收费站点的工作方案》等9项规章制度。
